في عام 1928 أنشأت كلية العلوم بالجامعة المصرية مختبرا علميا على ساحل البحر الاحمر لجمع العينات والتدريب الحقنى فكانت محطة الاحياء البحرية بالغردقة .
وتم اختيار موقع المحطة بواسطة فريق من هيئة التدريس بكلية العلوم حيث اقلع الفريق على متن اليختان "قولة وسفاريا" بحذاء الساحل المصري للبحر الاحمر وتبين ان الطرف الجانبي لخليج السويس وبالتحديد عند مدينة الغردقة هو انسب المواقع وذلك لبعده نسبيا عن الانشطة البشرية الكثيفة وكذلك لمواجهته للعديد من الجزر ذات البيئات البيلوجية المتنوعة.
قال الدكتور محمد عبدالوهاب مدير المعهد لبوابة افريقيا الاخبارية : "فى عام 1930 اهدى معهد الملك فؤاد بالاسكندرية مكتبته وتجهيزاته المعملية للمحطة وفي عام 1945 اصبحت المحطة معهدا مستقلا بذاته يحمل اسم المعهد الملكي لعلوم البحار بجامعه فؤاد الاول. وفى عام 1954 اعيدت المحطة الى تبعية كلية العلوم ثم انفصلت مرة اخرى عام 1963 لتصبح جزاء من المعهد القومي لعلوم البحار والمصايد التابع لرئيس اكاديمية البحث العلمي والتكنولوجيا كمحطة بحثية تابعة لفرع السويس وظل كذلك حتى عام 1990 حيث اصبحت المحطة فرعا مستقلا بذاته تحت اسم المعهد القومي لعلوم البحار والمصايد فرع البحر الاحمر وسبب اختيار الغردقة لبعدها عن العمران وايضا توفر الشعاب المرجانية والبيئة البحرية النموذجية وتم اختيارها لتكون محطة ابحاث تابعه لجامعه الملك فؤاد"
وقال "ان دور المعهد على المستوى العالمي منوط به دراسة البيئة البحرية وعلوم البحار وله خطط استراتيجية بحثية تمتد على طول البحر الاحمر وعلى المستوى المحلي هناك تعاون بين المعهد وجميع الجامعات البحرية وتبادل وتعاون بالمعاهد البحرية بالودول العربية وعدد من الدول الاوروبية"
و يعتبر المعهد القومي لعلوم البحار والمصايد والذي كان إسمه قديماً (محطة الأحياء البحرية بالغردقة) من أقدم المعاهد المتخصصة في مجال علوم البحار في الوطن العربي والشرق الأوسط ويوجد به 50 كادر بحثي
المعهد له انجازات متعددة في مجال البحار منها اعداد دراسات عن الكيمياء البحرية والفيزياء البحرية والجولوجية البحرية والاستزراع والنباتات البحرية بالاضافة الى معمل التلوث البحري وتغدية الاسماك ودراسة ديناميكا الشواطئ خاصة متغيرات الشواطئ
يتكون المعهد من 7 مختبرات عند راس الجسر الممتد الى البحر على بعد 200 متر من الشاطى هذه المختبرات مزودة بالماء العذب والتجهيزات العلمية اللازمة للعمل البحثي وتبلغ مساحتها حوالى 200 متر مربع كما توجد اربعة احواض خرسانية مفتوحة على البحر مباشرة تسمح بابقاء عدد من الحيوانات حية من اجل اجراء التجارب وتشغيل المختبرات ومن ضمن مكونات المعهد " المكتبة" مساحتها 180متر وتعد واحدة من اكبر المكتبات المتخصصة بما تحويه من مجلدات وكتب ومجلات ونشرات وتقارير الرحلات الاقيانوغرافيه عن البحر الاحمر والمنطقة الهند باسيفيكية وتستقبل المكتبة 25 من المجلات الدورية المتخصصة في المجال وتتبادل المنشورات مع ما يربو على 350 معهدا وجامعة في العالم وتضم المكتبة بين جانبيها كتاب وصف مصر الذي وضعته الحملة الفرنسية ابان تواجدها فى مصر
والاكواريوم ويضم 26 حوضا زجاجيا متنوعة الاحجام في شكل دائري تحوي هذه الاحواض عينات متنوعة من اسماك البحر الاحمر والتي تضم مجموعات من اسماك الشعاب المرجانية والقوابع وبعض الاسماك الغريبة التي تتميز بها بيئة البحر الاحمر ويقوم بجمع هذه العينات اعضاء القسم البحري بفرع المعهد بشكل دورى
" المتحف" يحتوى على مجموعة عريضة من العينات البيلوجية والجيولوجية من البحر الاحمر والمحيط الهندى ومن اهم العينات الموجود بالمتحف تلك التى جمعت بواسطة الباخرة " مباحث" وتلك العينات محفوظة بالمتحف هذه العينات تفيد كمجموعه مرجعية للمنطقة وهي ثروة علمية للعلماء والطلاب الدارسين بالبحر الاحمر
يقوم المعهد على حل مشاكل البيئة البحرية المحيطة مثل مشكلة نجم البحر الشوكى – عمل تقارير التقييم البيئى للمشروعات السياحية على ساحل البحر الاحمر- فض المنازعات فى المشاكل التى تمس البيئة البحرية بين جهاز شئون البيئة واصحاب المنشات السياحية – يعتبر المعهد جهة استشارية اساسية في القضايا والنزاعات الدولية الخاصة بالبيئة البحرية بالبحر الاحمر
تم توقيع بروتوكول تعاون بين فرع المعهد بالغردقة والمركز القومي للامان النووى والرقابة الاشعاعية بالقاهرة لعمل خارطة اشعاعية بالبحر الاحمر وهناك تعاون بين المعهد والجامعات العربية في تقييم الاعمال البحثية بكليات علوم البحار بها وتدريب الكواد الفنية على اعمال التحنيط والتلوين وحفظ العينات البحرية المختلفة ويقوم المعهد بتنظيم دورات بحثة لعدد من الدول العربية