على الرغم من أن ملفات تعريف الارتباط، المعروفة باسم ملفات الكوكيز، تجعل عملية تصفح الويب أكثر راحة وسهولة، إلا أنها تتيح للشركات وخدمات الويب إمكانية تحليل سلوكيات تصفح الويب الخاصة بالمستخدم، فضلاً عن إمكانية استغلال البيانات، التي يتم نقلها في إنشاء بروفايل للأغراض التسويقية.
ونظراً لأنه من الصعب على المستخدم معرفة عدد ملفات الكوكيز، التي يتم تخزينها على الحواسيب، وماهية البيانات، التي يتم إرسالها بواسطة الملفات الصغيرة أو الجهات التي تستقبلها، فإن مركز حماية المستهلك بولاية شمال الراين ويستفاليا الألمانية ينصح باتباع بعض الإجراءات الوقائية، أولها إزالة ملفات الكوكيز من جميع الحواسيب بصورة منتظمة، ومن الأفضل أن يتم ذلك بعد كل جلسة لتصفح الويب أو على الأقل مرة واحدة شهرياً.
ويمكن للمستخدم القيام بذلك في إعدادات متصفح الويب؛ حيث يتم في قائمة الخصوصية ضبط وضع إزالة ملفات الكوكيز المخزنة بعد كل جلسة تصفح تلقائيا، وبالتالي يتم الحد من عمليات التتبع وتحليل البيانات على المدى الطويل.
وليس من المستحسن رفض جميع ملفات الكوكيز بشكل تام؛ لأن ذلك يؤدي إلى إيقاف وظيفة عربة التسوق عند إجراء التسوق الإلكتروني. ومع ذلك ينصح الخبراء الألمان بحظر ملفات الكوكيز من الشركات الخارجية، أي الجهات، التي ليس لها علاقة بموقع الويب، الذي يتم تصفحه، ويمكن القيام بهذه الإجراءات في متصفح جوجل كروم في قائمة الخصوصية تحت بند "إعدادات موقع الويب"، كما يمكن حظر جميع ملفات الكوكيز من الجهات الخارجية في متصفح موزيلا فايرفوكس تحت بند "خصوصية المتصفح".
وعندما الأمر يتعلق بنقل البيانات الحساسية، مثل رقم بطاقة الائتمان أو عنوان السكن، فإنه يتعين على المستخدم مراعاة كيفية تعامل شركات الويب مع ملفات الكوكيز؛ حيث يتعين على الشركات الجادة تقديم معلومات حول هذا الشأن على صفحات الويب الخاصة بها.