يعود تاريخ العلاقات المصرية الإيرانية في العصر الحديث إلى القرن التاسع عشر حيث وقعت اتفاقية "أرضروم" بين الدولة القاجارية الإيرانية والدولة العثمانية والتي جاء فيها أن الدولة الإيرانية تستطيع تأسيس قنصليات لها في الولايات العثمانية فتم افتتاح قنصلية لرعاية المصالح الإيرانية في القاهرة، وكان أول سفير إيراني في مصر هو )حاجي محمد صادق خان) وقد أعقب ذلك توقيع اتفاقات صداقة بين البلدين في العام 1928. وكان تطورا جديدا في العلاقات بزواج يقرب بين العائلتين الملكيتين في الدولتين، حيث تزوجت الأميرة(فوزية) شقيقة الملك (فاروق الاول)من ابن الشاه الإيراني (محمد رضا بهلو) .

اما فى عهد الرئيس محمد انو السادات ساءت العلاقات المصرية الايرانية بسبب توقيع اتفاقية (كامب ديفيد) ." و كان من الاصح إعدام الفرعون" فيلما وثائقيا أنتجته لجنة تكريم شهداء الحركة الإسلامية العالمية، عرض في العام 2008، وأثر سلبا في العلاقات المصرية الإيرانية. يتناول الفيلم حادثة اغتيال محمد أنور السادات رئيس مصر الأسبق الذي استقبل شاه إيران بعد قيام الثورة الإسلامية في إيران. يصف الفيلم أنور السادات بالخائن، ويصف قتلته بالشهداء، ويأتي فيه أن سبب قتل أنور السادات هو "توقيع اتفاقية كامب ديفيد من العدو الصهيوني"

دشنت إيران شارعا باسم خالد الاسلامبولي العقل المدبر لقتل السادات في العاصمة طهران أياما بعد اعدامه ما أدى بمصر إلى قطع العلاقات مع إيران وطرد السفير الإيراني ولكن في سنة 2010 تم ازالة التسمية من الشارع دون أي توضيحات ولكن راى فيه البعض مغازلة من إيران تجاه مصر.

وساءت العلاقات جدا بين مصر وايران بسبب مساعدة مصر للعراق ضد ايران فى حرب العراق ضد ايران  .بعد ثورة يناير 2011 وتولي مرسي  وحركة الاخوان المسلمين الحكم ، زار إيران في نهاية أغسطس 2012 لحضور قمة عدة الانحياز في طهران حيث تم استقباله بحفاوة كبيرة من الرئيس نجاد وفي أبريل 2013 قام الرئيس الإيراني بزيارة لمصر لحضور القمة الإسلامية في القاهرة وقام باستقباله الرئيس مرسي بحفاوة وزار نجاد جامع الأزهر ومقام السيدة زينب وقد لاقت هذه الزيارة تذمر واستنكار من الشعب المصرى.

أما عن التداعيات الاخيرةعن استدعاء القائم بالأعمال الإيراني احتجاجاً على "التدخل" في شؤون مصر. قال المتحدث باسم وزارة الخارجية المصرية إن الوزارة استدعت القائم بالأعمال الايراني في القاهرة مجتبى أماني للاحتجاج على تصريحات إيرانية في شأن الأوضاع في مصر.

وكانت المتحدثة باسم الخارجية الإيرانية، مرضية أفخم قالت إن بلادها قلقة في شأن العنف السياسي في مصر وطالبت بـ"حوار وطني لوقفه".

وأبدت وزارة الخارجية المصرية رفضها واستهجانها من التصريحات الصادرة عن مسؤولين إيرانيين تجاه مصر، واعتبرتها تدخلاً مرفوضاً في الشأن الداخلي المصري.
وأكد الناطق باسم الوزارة، بدر عبدالعاطي، في تعقيب على تصريحات القائم بالأعمال الإيراني في القاهرة مجتبى أماني تجاه مصر، والتصريح الصادر عن الناطق باسم الخارجية الإيرانية حول الأوضاع في مصر، استهجان مصر من "مثل هذه التصريحات باعتبارها تدخلاً مرفوضاً شكلاً وموضوعاً في الشأن الداخلي للبلاد".

وشدد عبدالعاطي على أن "مصر لن تسمح مطلقاً لأي دولة بالتدخل في شؤونها الداخلية"، مؤكداً حق الحكومة المصرية في اتخاذ القرارات الضرورية لتوفير الأمن للمواطنين وفرض للنظام العام، في إطار تطبيق القانون، وأن "الحكومة مسؤولة أولاً وأخيراً أمام الشعب المصري".

إيران ترد على " مصر " بعد إستدعاء القائم بالأعمال.

قالت المتحدثة باسم الخارجية الإيرانية "مرضية أفخم" ، رداً على تحذير الخارجية المصرية من تدخل إيران فى الشأن المصرى واستدعاء القائم بالأعمال الإيرانى بالقاهرة: "لقد أعلنا مواقفنا حول مصر بما يتناسب مع سياستنا المبدئية لإرساء الأمن والاستقرار، واتخاذ السبل السلمية، وكان للمسئولين المصريين موقف فى هذا المجال أيضا".

ونقلت وكالة أنباء فارس الإيرانية، قولها فى مؤتمر صحفى لا يوجد لدينا إيضاحات إضافية فى هذا الشأن، "نحن مارسنا حقنا وهم مارسوا حقهم".

وبعيدا عن سياسة الحكومتين الايرانية و المصرية فان الشعب المصرى يبدو راضى عن قطع هذه العلاقات .