نفى جهاز النهر الصناعي ما تردد من أنباء حول مساهمة المشروع في تدهور ونضوب كميات المياه الجوفية بالمدن والواحات القريبة من منابعه.

وأكد جهاز النهر الصناعي في بيان له أن جميع الدراسات الجيولوجية والهيدرولوجية المتعاقبة ولعقود من الزمن أثبتت أن ليبيا تمتلك مخزون هائل من الموارد المائية تكفي لإمداد المشروع بشكل آمن ومحافظ على البيئة.

وبين الجهاز أن فكرة استثمار الموارد المائية بهذه الأحواض لم تأتي مصادفة بل جاءت بعد دراسات علمية مبنية على بيانات دقيقة ساهمت في إعدادها بيوت خبرة رائدة في المجال.

وشدد الجهاز على أن النماذج الحاسوبية التي تم تحديدها بعد انقضاء فترة ثلاثة عقود من الزمن على ضخ وتشغيل هذه الأحواض أثبتت دقة ونجاح الدراسات المبدئية والتي تم بناء على نتائجها الشروع في تنفيذ هذا المشروع الاستراتيجي.

ولفت الجهاز أنه للحفاظ على البيئة ارتكزت فكرة إنشاء المشروع على ضرورة المحافظة على المياه الجوفية بالخزانات السطحية المستغلة بالمناطق والواحات القريبة من منابع النهر ولتحقيق ذلك فقد تم استغلال الأحواض العميقة والتي في الغالب يفصل بينها وبين الأحواض الجوفية السطحية طبقات جيولوجية تمنع الاتصال الهيدروليكي ما بين الأحواض إلى يعني عدم تأثر الأحواض السطحية بالمدن والواحات مطلقا.

وشدد الجهاز على أن سلوك مستوى سطح الميته بالخزانات والأحواض الجوفية المغذية للنهر الصناعي يتم مراقبته دوريا وبشكل منتظم منذ بداية عمليات الضخ والتشغيل وحتى الآن والتي ناهزت ثلاثة عقود حيث أثبتت عمليات القياس والمتابعة الدقيقة أن معدلات الهبوط تتوافق وبشكل كبير مع التوقعات المعدة للمشروع وفي أحيان كثيرة ثبت أن القياسات الحقلية والفعلية أفضل من التوقعات الحاسوبية كما أن الهبوط في المياه الجوفية حدث في مناطق تتركز معظمها  في وسط حقول الآبار ولم يسجل أي هبوط في مناسيب مستويات المياه في المناطق الواقعة بأطراف هذه الحقول.