فحصت هيئة التحقيق في قضية إهانة القضاء المصري عدد من الشكاوى التي قامت على أساسها تلك القضية، والمقدمة من المستشار أحمد الزند رئيس نادي قضاة مصر وعدد كبير من القضاة، سواء في القاهرة أو في الأقاليم ضد هؤلاء المتهمين، وكذلك عدد من الاسطوانات المدمجة المتعلقة بالأحاديث التي أدلى بها المتهمون لعدد من وسائل الإعلام، وكذلك اسطوانة مدمجة خاصة بالمتهم عاصم عبد الماجد التي يقول فيها في مقطع الكتروني أن القضاة لن ينصلح حالهم إلا بثورة ثانية، ودعوته لكافة التيارات الإسلامية بالنزول إلى الشوارع يوميا حول دار القضاء العالي ونادي القضاة وعند بيوت القضاة الفاسدين ومحاصرتهم ومطالبتهم بالتنحي .
ولم ينتهى المستشار ثروت حماد قاض التحقيق المنتدب من رئيس محكمة الاستئناف للتحقيق في القضية لم ينتهي من التحقيق في القضية بعد، وقام بنسخ صورة من نص التحقيقات وملف القضية بالكامل وذلك بسبب وجود جزء كبير في القضية لم يتم الانتهاء منه.
وقالت مصادر قضائية أنه سيتم التحقيق مع عدد من النشطاء السياسيين والإعلامين في إهانة السلطة القضائية منهم الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح المرشح الرئاسي السابق ورئيس حزب مصر القوية، والناشط الحقوقي والمرشح الرئاسي السابق خالد علي، استنادا إلي العديد من المستندات التي تضمنت تصريحات صحفية وإعلامية في وسائل الإعلام المقرؤة والمرئية.
وكانت هيئة التحقيق برئاسة المستشار ثروت حماد وعضوية المستشارين أيمن فرحات وباهر بهاء، أحالت كلاً من الرئيس المعزول محمد مرسي، و25 من قيادات جماعة الإخوان المسلمين، والإعلاميين، والنشطاء السياسيين، إلي المحاكمة الجنائية بتهمة سب وقذف الهيئات القضائية،كما ا استبعدت 85 صحفيا وإعلاميا من دائرة الاتهام، بعد أن كانت التحقيقات قد شملتهم، وذلك إيمانا من هيئة التحقيق بأهمية دور الإعلام وما يتمتع به من حرية واجبة.
أشار أمر الإحالة إلى أن الرئيس السابق محمد مرسي قام بسب وقذف موظف عام، وذا صفة نيابية، وهو القاضي علي النمر، بأن وصفه في خطابه الرئاسي في 26 يونيو الماضي المذاع علانية على القنوات التلفزيونية والفضائية المختلفة بأنه قاضيا مزورا، وما زال يجلس على منصة القضاء، معرضا به بأنه أحد قضاة محاكمة خصها وحددها في حديثه، وهي دعوى المحاكمة المعروفة إعلاميا بقضية أرض الطيارين، وكان ذلك جميعه بسبب أدائه وظيفته قاضيا، وأدائه لخدمة عامة، وهي الإشراف القضائي على الانتخابات البرلمانية عام 2005.