كشف ديوان المحاسبة في تقريره لسنة 2019 أن المجلس الرئاسي قام بإصدار العديد من التفويضات المصلحية لبعض السفارات بالخارج دون قيدها بسجل الاعتماد في خانة الارتباطات القائمة حيث تم تحميل القيمة على البند مباشرة كمصروفات فعلية فضلا عن عدم قيام المجلس بطلب قرير بالمصروفات بالمخالفة للمادة 21 من لائحة الميزانية والحساب والمخازن منها مثلا مخصصات رحلة رئيس لمجلس الرئاسي فائز السراج لحضور الجمعية العمومية للأمم المتحدة والتي بلغت 700,000 دينار وتم تحويلها لصالح البعثة الليبية في نيويورك كما أن نفقات اجتماع رئيس المجلس للقمة الخامسة للدول المصدرة للنفط بلغت 150,000 دينار لسفارة ليبيا بغينيا.
ولفت التقرير إلى تغطية حجز الفنادق وإصدار تذاكر درجة أولى لبعض موظفي المجلس وعائلاتهم وأشخاص لا تربطهم علاقة بالمجلس لغرض العلاج بالخارج.
وبين التقرير أن المجلس الرئاسي صرف مكافأة تشجيعية تعادل مرتب شهرين بمبلغ 28,40 دينار لكل من رئيس قسم الشؤون المالية ورئيس قسم المخازن ورئيس وحدة المنظومات المالية ورئيس وحدة المحفوظات الإدارية بالمخالفة لشروط وضوابط صرف المكافآت التشجيعية الواردة بقانون علاقات العمل
وأشار ديوان المحاسبة إلى أن الالتزامات المالية القائمة على المجلس الرئاسي عن سنوات 2016،2017،2018 والتي لم يتم تسويتها بلغت 12,633,710 دينار
ولفت التقرير إلى أن قيمة العهد المالية المصروفة خلال السنة 2019 بلغت نحو 229,955 دينار لعدد 13 عهدة منها صرف عهد مالية بقيمة 79,995 دينار لموظفين لا يتقاضون مرتباتهم من المجلس الرئاسي