قد تمثل التطبيقات تهديداً لخصوصية بيانات مستخدمي الهواتف الذكية، نظراً لأن الكثير من التطبيقات تحتوي على أدوات تجسس تعرف باسم "أدوات تعقب" (Tracker)، والتي تتبع استخدام التطبيق المعني، وفي بعض الأحيان تتبع الهاتف الذكي بالكامل.

فعلى سبيل المثال يُنشأ بروفايل للتفضيلات الشخصية وعادات التسوق أو تُنشأ نماذج لحركة المستخدم، وذلك بغرض إظهار إعلانات شخصية مثلاً.

ويمكن لمستخدمي أندرويد اكتشاف أدوات التعقب وشبكات الدعاية على أجهزتهم بواسطة التطبيق "Exodus Privacy". ويٌعد التطبيق أيضاً قائمة بالحقوق الممنوحة للتطبيقات.

كما تقدم الشركة الفرنسية المطورة للتطبيق موقع ويب للاستفسار عن كل تطبيقات متجر غوغل بلاي، كي يتمكن المستخدم من الاستعلام عن التطبيقات قبل تثبيتها على هاتفه.