اتهم المفكر القبطي والسياسي جمال أسعد أن حادث تفجيرات الكنيسة البطرسية ،جماعة الإخوان المسلمين بسعيها وراء الانتقام من المسحيين في مصر لدعمهم للرئيس السيسي منذ ثورة 30 يونيو ،معتقدا أن الحادث لن يكون سببًا في توتر العلاقات التي وصفها بـالطيبة بين الأقباط والرئيس عبد الفتاح السيسي،,

وقال أسعد في حوار له مع صحيفة ايلاف ،إن الحادث ليس له تأثير سلبي على شكل العلاقة بين الأقباط والسيسي أو الدولة بشكل عام ، فالعلاقة بين الطرفين منذ ثورة 30 يونيو قوية ،بل تفجير الكنيسة كان سببًا في زيادة هذه العلاقة ، فالأقباط يقدرون مشاركة الرئيس في الجنازة ، ومساندة الكنيسة في المحنة ولأول مرة يتم تطبيق مفهوم المواطنة على أرض الواقع من قبل الدولة .

وأضاف سعد أن تفجير الكنيسة من الداخل في مشهد يحدث لأول مرة ،" هدفه سياسي، حيث تسعى جماعة الإخوان الإرهابية للانتقام من الأقباط  بسبب وقوفها الدائم بجانب الرئيس السيسي"، وخاصة بعد مشاركة البابا تواضرس في مشهد 3 يونيو الذي بمقتضاه تم عزل مرسي وإنهاء حلم الإخوان بتكوين الخلافة الإسلامية في المنطقة .